Le livre est constitué de 234 pages de 15 cm de large et 23 cm de haut. Le manuscrit est en vélin (peau d'un animal très jeune) et 42 pages sont manquantes d'après la pagination. Il semble que lors de son acquisition par Voynich en 1912, le livre était déjà incomplet. Une plume d'oie a été utilisée pour le texte et le contour des figures. Plusieurs couleurs ont été apposées sur les figures d'une manière parfois grossière. On pense que ces ajouts de peinture ont été faits après la rédaction du texte
Les illustrations dans le manuscrit donnent peu d'indications sur son contenu exact mais permettent d'identifier une demi-douzaine de sections consacrées à des sujets différents avec un style qui varie. Excepté pour la dernière section dont le contenu est entièrement textuel, presque toutes les pages contiennent au moins une illustration. Les sections et leur nom contemporain sont :
Herbier : chaque page contient une plante, parfois deux, accompagnées de paragraphes. Le tout est présenté selon le style européen des herbiers de l'époque. Certaines parties sont des agrandissements et des versions améliorées des esquisses présentes dans la partie pharmacologie
Astronomie : des diagrammes d'astres comme des soleils, des lunes et des étoiles suggèrent que le contenu porte sur l'astrologie et l'astronomie. Une série de 12 diagrammes représente les symboles des constellations du Zodiaque (deux poissons pour la constellation des Poissons, un Taureau, un soldat avec une arbalète pour le Sagittaire, etc.). Chaque symbole est entouré d'exactement 30 figures féminines, la plupart nues, qui portent une étoile avec une légende. Les deux dernières pages de cette section, le Verseau et le Capricorne, ont été perdues. Quant au Bélier et au Taureau, les pages qui leur sont consacrées sont divisées en deux paires de schémas avec 15 étoiles chacun. Certains de ces dessins sont sur des pages qui peuvent être dépliées.
Biologie ou balnéothérapie : un texte dense et continu parsemé de dessins qui représentent principalement des femmes nues se baignant dans des bassins ou nageant dans un réseau de tubes élaboré. La forme d'une partie de cette plomberie fait penser à des organes. Certaines de ces femmes portent des couronnes.
Cosmologie : des diagrammes circulaires à la signification obscure. Cette section possède également des dépliants. L'un d'entre eux s'étale sur six pages et contient des cartes de 9 « îles » reliées par des chemins avec la présence de châteaux et de ce que l'on estime être un volcan.
Pharmacologie : plusieurs dessins de plantes avec une légende. Les figures décrivent des parties des végétaux (racines, feuilles, etc.) ce qui fait penser à un guide pour un apothicaire. Des objets dans les marges ressemblent à des pots utilisés par les pharmaciens de l'époque, les pages sont clairsemées avec seulement quelques paragraphes de texte.
Recettes : beaucoup de paragraphes assez courts, chacun étant marqué d'une puce en forme de fleur ou d'étoile.
Comme l'alphabet du manuscrit ne ressemble à aucun autre et que le texte est toujours indéchiffrable, les seuls signes reflétant son ancienneté et son origine sont les illustrations, spécialement les robes et les coiffures des personnages, ainsi que deux châteaux apparaissant dans les schémas. Ils sont caractéristiques du style européen et, se basant sur ce fait, les experts datent le livre sur une période comprise entre 1450 et 1520. Cette évaluation est confortée par des indices complémentaires.
Le propriétaire officiel le plus ancien de ce manuscrit était un certain Georg Baresch, un alchimiste qui vivait à Prague au XVIIe siècle. Apparemment Baresch était lui aussi perplexe à propos de ce « Sphinx » qui a « pris de la place inutilement dans sa bibliothèque » pendant des années. Baresch apprit qu'Athanasius Kircher, un savant jésuite issu du collège romain, avait publié un dictionnaire copte (éthiopien) et déchiffrait les hiéroglyphes égyptiens. Il lui envoya une copie d'une partie du manuscrit à Rome par deux fois, demandant des indices. Sa lettre destinée à Kircher datant de 1639, qui a été retrouvée récemment par René Zandbergen, est la première allusion au manuscrit trouvée jusqu'alors.
On ne sait pas si Kircher a répondu mais il semblerait qu'il s'intéressa assez au sujet pour tenter d'acquérir le livre, que Baresch refusa apparemment de montrer. Après la mort de Baresch, le manuscrit passa à son ami Jan Marek Marci (Johannes Marcus Marci), alors proviseur à l'Université Charles de Prague, qui envoya le livre à Kircher, son ami de longue date et correspondant. La lettre d'explication de Marci (1666) est encore jointe au manuscrit. La lettre prétend entre autres que le manuscrit fut, à l'origine, acheté pour 600 talers d'or par l'Empereur Rodolphe II qui pensait que l'ouvrage était le fruit du travail de Roger Bacon.
On perd ensuite la trace du livre pendant 200 ans, mais selon toute vraisemblance il était conservé, comme le reste de la correspondance de Kircher, dans la bibliothèque du collège romain, actuelle université pontificale grégorienne. Il y resta probablement jusqu'à l'invasion de la ville par les troupes de Victor-Emmanuel II d'Italie, qui annexa les États pontificaux en 1870. Le nouveau gouvernement italien décida de confisquer beaucoup de biens de l'Église, notamment la bibliothèque du collège romain. D'après les recherches de Xavier Ceccaldi et d'autres, de nombreux livres avaient été transférés à la hâte juste avant ces événements dans les bibliothèques privées de ses facultés. Ces dernières avaient été exemptes des confiscations. Les lettres de Kircher étaient parmi ces livres et, apparemment, le manuscrit de Voynich aussi, vu qu'il portait encore l'ex-libris de Petrus Beckx, Supérieur général de la Compagnie de Jésus et proviseur de l'université en même temps.
La bibliothèque privée de Beckx fut déménagée à la Villa Mondragone, Frascati, un grand palais près de Rome, acheté par la Compagnie de Jésus en 1866.
Vers 1912, le collège romain décida de vendre, très discrètement, quelques uns de ses biens. Wilfrid Voynich acheta 30 manuscrits, parmi lesquels celui qui porte maintenant son nom. Après sa mort en 1931, sa veuve Ethel Lilian Voynich hérita du manuscrit. Elle mourut en 1960 et laissa le manuscrit à son amie proche, Mlle Anne Nill. En 1961, Anne Nill vendit le livre au marchand de livres anciens Hans P. Kraus. Incapable de trouver un acheteur, Kraus en fit don à l'université Yale en 1969.
qu'en penser vous ?réalité ou fake?
